チャート情報(インディケータでカスタマイズしたり色を変更して「定型チャート」として保存したもの、「組表示」で作成したレイアウトなど)は、アンインストール前にバックアップをとっていただくことで引き継ぐことができます。
各データは以下フォルダ内に格納されているため、ファイルを「コピー」の操作で取り出していただき、デスクトップなどPCの別の場所に「貼り付け」し、バックアップとして保存できます。新規にインストールしたFXTF MT4の同じフォルダ内に格納した後、再起動いただくと引き継がれます。
※「Indicators」、「templates」、「profiles」などフォルダごと「コピー」&「貼り付け」で保存することも可能です。

▼外部インディケータの格納先
ご自身で追加した外部インディケータは、通常以下フォルダ内に格納されています。
FXTF MT4インストール版を起動して、左上の「ファイル」>「データフォルダを開く」>「MQL4」>「Indicators」

▼定型チャートの格納先
保存した定型チャートは以下フォルダ内に格納されています。
FXTF MT4インストール版を起動して、左上の「ファイル」>「データフォルダを開く」>「templates」

▼チャートの組表示の格納先
保存したチャートの組表示は以下フォルダ内に格納されています。
FXTF MT4インストール版を起動して、左上の「ファイル」>「データフォルダを開く」>「profiles」